Bối cảnh của EXCEEDS Gun Blaze Vengeance diễn ra trong một thế giới giả tưởng đen tối và khắc nghiệt hơn. 30 năm trước, một loài sinh vật ngoại lai hung hãn xâm lăng đẩy nhân loại đến bờ vực diệt vong. Cho dù con người tạm thời giành lại được một chút an toàn, thế giới vẫn có thể sụp đổ bất cứ lúc nào. Liên Hợp Quốc đã thành lập một cơ quan điều tra đặc biệt có tên là EXCEEDS để chiến đấu chống lại các sinh vật nguy hiểm và các thảm họa. Câu chuyện bắt đầu tại quốc gia hải đảo Mizuho ở vùng viễn đông. Nhân vật chính mới là Shiina Kuze, một thợ săn quái vật sống cô độc trên đảo hoang cùng em gái cô là Setsuna, chỉ mong ước một cuộc sống bình yên trước khi các biến cố ập đến.